小鼠至人类基因组比较解释了DNA的演化
一项比较小鼠和人类DNA的控制基因表达区域的综合研究揭示,它们中大约有三分之一在这两个物种间是得到保守的,而这两个物种在大约5.5亿年前就分离了。
在此提出的数据集将对尝试理解哺乳动物调控DNA是如何演化的研究人员有用。有关哺乳动物中数千个基因是如何通过像增强子和启动子(它们控制着基因表达)等DNA成分进行调控的研究因为缺乏可在人与小鼠间进行比较的来自不同细胞类型的详细的调控DNA图而一直受到限制。
Jeff Vierstra和同事在此连同小鼠ENCODE项目(其被设计用来探索在小鼠基因组中编码的功能性成分)战胜了这一挑战。研究人员用被称作DHSs的位点或DNA酶I超敏感位点——它们常常标志着基因调控区域——而在45种小鼠细胞与组织类型中绘制了小鼠调控DNA的状貌。
他们将其小鼠DHS图与来自相应人类细胞与组织的DHS图进行了比较。有DHSs中有许多与它们所影响的基因的距离要比那些已经改变及不共有的DHSs与它们所影响基因的距离更远。
这表明,在整个哺乳动物演化史中一直得到保守的DHSs可能在功能上不同于那些距离其所控制基因较近的DHSs。
原文检索:
Jeff Vierstra, Eric Rynes, Richard Sandstrom, Miaohua Zhang, Theresa Canfield, R. Scott Hansen,Sandra Stehling-Sun, Peter J. Sabo, Rachel Byron, Richard Humbert, Robert E. Thurman,Audra K. Johnson, Shinny Vong, Kristen Lee, Daniel Bates, Fidencio Neri, Morgan Diegel, Erika Giste,Eric Haugen, Douglas Dunn, Matthew S. Wilken, Steven Josefowicz, Robert Samstein, Kai-Hsin Chang,Evan E. Eichler, Marella De Bruijn, Thomas A. Reh, Arthur Skoultchi, Alexander Rudensky,Stuart H. Orkin, Thalia Papayannopoulou, Piper M. Treuting, Licia Selleri, Rajinder Kaul, Mark Groudine,M. A. Bender, and John A. Stamatoyannopoulos. Mouse regulatory DNA landscapes reveal global principles of cis-regulatory evolution. Science, 19 November 2014 ; DOI:10.1126/science.1246426