阅微基因2020Q2客户发表文章速递（附亮点文章速读）
【2020-07-31】
没有什么能够阻挡，你对发表的向往。
更没有什么能够阻挡，我对分享的企盼。
阅微基因二季度新增客户发表20篇（包含1篇柳叶刀预印刊），其中IF 5分以上文章1篇，总影响因子57分，平均影响因子3.33分；近5年(2016-2020Q2)累计发表240篇，总影响因子超950分，平均影响因子达4.17分。
以阅微基因的三大服务领域区分，科研文章最多(10篇)，覆盖细胞鉴定与个体识别、微生物快速定量、特产物种微卫星标记开发及种群研究等项目；法医领域8篇，包含试剂盒开发和验证、各民族（汉族、藏族、吉尔吉斯族、彝族、羌族）Y染色体分子标记种族遗传；临床领域2篇，均与结直肠癌分子标记MSI相关，研究不同技术方法间的关联性。
阅微基因2020二季度客户应用发表文章一览
亮点速递
本季最高
产品：小鼠细胞鉴定
期刊：MOL NEURODEGENER，IF=8.274
作者：中山大学中山眼科中心眼科学国家重点实验室刘奕志、迟玮团队
急性青光眼是全球范围内不可逆失明的主要原因，目前尚缺乏有效的治疗方法。刘奕志、迟玮团队通过建立视网膜缺血/再灌注的小鼠模型以及体外氧葡萄糖剥夺/复氧细胞模型，研究急性青光眼高眼压及视网膜神经节细胞死亡的机制。发现缺氧或高眼压活化了小胶质细胞的Caspase-8/HIF-1α通路，并招募NLR家族蛋白组成炎性小体激活caspase-1和IL-1炎症因子的释放，进而正反馈炎症通路，诱发视网膜神经节细胞焦亡，导致视力丧失。敲除炎性caspase的关键性底物消皮素D(gasdermin D)能有效减缓细胞焦亡，反之，以IL-1处理则会放大炎症级联反应及损伤。本研究为急性青光眼性失明提供了新的机制见解，为潜在的靶向治疗方法提供了新的思路。体外细胞模型所用的BV2小鼠小胶质细胞在阅微基因进行了细胞STR鉴定。
站在巨人肩上
期刊：J TRANSL MED，IF=4.124
作者：天津人民医院肛肠疾病诊疗中心张春泽团队
随着免疫检查点抑制剂的出现，微卫星不稳定(MSI)的状态已经成为免疫检查点阻断治疗的重要生物标志物，技术需求不断增长。PCR-CE方法是目前的金标准，具备高灵敏度和高准确性，但在部分情况比如组织种肿瘤含量低于33%或DNA极度严重降解的样本中有其局限性。张春泽医生团队参照MSI-PCR的结果，从28例原发性结直肠癌病人中找寻适用的NGS 位点，在363个单核苷酸位点中找出9个在MSI-H组最不稳定且在MSS组稳定的位点进行NGS panel的开发，在64例病例（14个MSI-H、50个MSS）中进行验证得到与PCR-CE方法完全一致的结果。在panel中也同时检测了结直肠癌热点突变和TMB情况，发现TMB、BRAF p.V600E 和TCF7L2 p.E384fs及数种突变与MSI-H高度关联。而相对的，IHC方法则与NGS panel及PCR-CE方法只有85.2%的一致性。本研究中选择阅微基因结直肠癌微卫星不稳定状态检测试剂盒作为病例分组的参照标准。
左图，NGS panel（USCI-msi）和PCR-CE及IHC的对比
右图，TMB score在MSI-H和MSS两组间有显著差异
还得一起上
期刊：CANCER MANAG RES，IF= 2.243
作者：重庆医科大学第一附属医院临床分子医学检测中心张玉洪团队
再来看一篇MSI临床数据报道。研究团队收集了738位结直肠癌病例，取其蜡块包埋肿瘤组织和外周血样本，对比IHC方法和MSI检测的一致性。IHC方法检测MSH1, MSH2, MSH6和PMS2蛋白是否存在表达缺失（dMMR），而MSI则利用阅微基因结直肠癌微卫星不稳定状态检测试剂盒进行检测。结果显示，检测病例中的17.8%为dMMR，其中近70%的dMMR病例只存在1个蛋白表达缺失，且以PMS2最为常见（32.82%）； 而MSI-H则占所有病例的10.03%，其中74.32%的 MSI-H病例同时存在6个单核苷酸位点不稳定。两种方法存在中度一致性（Kappa Value=0.547, p<0.01）。因此认为IHC免疫组化和PCR-CE方法都应作为临床常规测试以提供更可靠的治疗决策参考。本研究中的PCR-CE方法采用阅微基因结直肠癌微卫星不稳定状态检测试剂盒进行。
在MSI-H组中，全部6个位点都发生不稳定的病例占大多数
横跨两大洲的我
产品：Microreader™ 24Y ID System
期刊：GENES，IF= 3.759
作者：南方医科大学法医学院朱波峰团队
吉尔吉斯族，又称柯尔克孜族。主要分布在吉尔吉斯斯坦和中国新疆维吾尔自治区，在中国境内有18.6万人口。前人利用常染色体的研究认为该族的祖先是东亚和欧洲人，而朱老师团队先前利用InDel和STR的研究则认为吉尔吉斯族在基因上更接近中国西北地区少数民族。本次，朱老师团队同时利用母系遗传线粒体DNA（mtDNA, 60 SNPs, n=138）和父系遗传24个Y-STRs（n=241）进行吉尔吉斯族与各参考群体之间的遗传关系分析。结果显示，两组分子标记之间相互独立，在mtDNA标记上，吉尔吉斯族最接近哈萨克族，且与东亚人群非常接近；而在Y-STR上虽接近维吾尔族，但更近似于欧洲人群。从人口地理学及文化婚俗的角度剖析，吉尔吉斯族位在古代丝绸之路，是连接东亚和欧洲的纽带，其母系遗传和父系遗传之间的潜在差异可能是吉尔吉斯男性与东亚女性通婚的结果。本研究中的Y-STRs分子标记检测采用阅微基因Microreader™ 24Y ID System检测试剂盒。
左图为以58个mtDNA SNPs绘制的亲缘关系NJ树
右图为以23个Y-STRs 绘制的亲缘关系树
一方土有一方人
产品：Y-SNP谱系标记系统
期刊：GENES，IF= 3.759
作者：复旦大学生命科学学院人类学与人类遗传学系李士林团队
Y染色体短串联重复序列（Y-STRs）已广泛应用于法医案件侦察，如从公安数据库中检索谱系、男女混合样本中的男性身份鉴定等，而Y-SNPs 的补充应用则仍在讨论中。本研究使用27个Y-STR 标记和 24个Y-SNP标记共同构建山东汉族（n=305）和云南汉族(n=656)谱系，证明Y-SNP在种群分化及男性谱系区分具有重要价值。首先通过27个Y-STR标记对15个地方汉族进行MDS分析，除云南彝族（样本量小）外，阿尔泰语系和汉藏语系可被显著区分。中国汉族又可分为四个大群：山东和济宁、上海、海南及常州/江苏/广东/云南，验证了本研究中选取的山东和云南汉族具有遗传学上的差异。接下来分析两个汉族群的Y-SNP组成。发现其中5个SNPs具有显著的等位基因频率差异。其中，4个单倍型（O1a, O1b, O2a1和O2a2b）在两族群中有显著的分布差异：O1型在云南汉族频率较高，而O2型在山东汉族中较高。印证先前的研究：O1a单倍型主要分布在华南及东南亚一带。基于本研究，Y-STRs和Y-SNPs联用将有助提高Y染色体数据库男性谱系的分辨率，尤其是地理族群的差异。本研究中的Y-SNPs分子标记检测采用阅微基因Y-SNP谱系标记系统。
O1和O2单倍型在中国北方汉族（山东）和南方汉族（云南）的基因频率差异
我不傻，只是没你聪明
产品：微卫星标记分析
期刊：ANIMALS，IF= 2.323
作者：中国科学院沈阳应用生态研究所胡远满团队
西伯利亚狍（对，就是傻狍子）已在2000年被列入《国家保护的有益的或者有重要经济、科学研究价值的陆生野生动物名录》及2015《中国物种红色名录》易危物种。在狍子的保护中，对群体数量或密度的估计是首要条件。先前研究中，族群密度估计采用较为间接的方法如足迹计数、符号计数或相机图像捕获等，显示东北小兴安岭的狍密度远低于欧洲或北美族群。本研究率先尝试在低密度族群中采用粪样DNA-捕获-标记-再捕获（fecal DNA-CMR）方法来估计凉水国家级自然保护区的狍群丰度和密度。通过精确的抽样设计，两次共采集422个粪丸（成功检出265个），并从18个先前报导的微卫星标记中评估精选出6个，依此鉴定出了77个独立个体，并根据这77个个体捕获-标记-重捕记录，估算狍丰度为87头，密度为每平方公里2.9只狍。本研究为利用粪便采样方法估算低密度地区野生动物数量的适用性及成功率提供了重要的参考价值。有助于群体发展及生态学管理。本研究中的粪样DNA提取及微卫星标记检测由阅微基因全程提供。
又萌又飒的它你不爱吗
产品：微卫星标记开发
期刊：HEREDITAS，IF= 2.412
作者：中国农业科学院特产研究所杨福合团队
梅花鹿是中国最受欢迎且最有经济价值的动物之一，但关于梅花鹿的分子标记研究相对较少。虽说在2010年左右启动了梅花鹿基因组测序计划，但目前尚未正式发表。因此本研究利用转录组测序先识别出182,295个EST微卫星标记，从中选取在鹿茸中表达、重复单元二核苷酸以上且长度大于12bp的58,503个标记进行引物开发设计，再选出200个标记进行验证，于140只辽宁双阳梅花鹿群体中鉴别出29个具有高度多态性（等位基因数量3~14）的标记位点，并对提高鹿茸产量及经济价值的产量、主枝长度及二杠茸等重要性状进行了关联研究，发现有8个标记与性状关联，其中以M009和M027最为显著。本研究对梅花鹿的繁育及鹿茸优选性状的分子标记提供了新的理解和贡献。其中微卫星标记筛选由阅微基因提供。
小百科：二杠指鹿茸分了一个叉口，三叉指茸分了二个叉口。在市场上二杠茸比三叉茸具有更高的市场经济价值，目前认为鹿茸有调节神经、内分泌、促进核酸及蛋白质合成、增强肝解毒的等作用。
团队发现和鹿茸产量及主枝长度性状相关的一个EST-微卫星标记M009
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