简介
免疫组库(Immune repertoire, IR)是指个体在特定时间点其循环系统中所有功能多样性B细胞和T细胞总和,其在自身免疫疾病、感染性疾病、肿瘤、器官移植、免疫治疗、细胞治疗等领域的研究中扮演着非常重要的角色。
常规免疫组库VDJ测序被广泛的应用于TCR和BCR的多样性研究,但是其无法在单个细胞的水平上完成单细胞α链和β链,或重链/轻链配对信息的精确分析。而10x Genomics Chromium系统利用微流控技术分选单个细胞后将细胞分配到油包水微反应体系中,并通过每个微反应体系中含有的特定DNA标记序列(10x barcode和UMI )来区分不同单细胞和转录本。在对细胞内转录本进行逆转录后,可将cDNA分为3份,其中两份可分别用于构建TCR或BCR免疫组文库,另一份可用于构建5’转录组文库,从而实现在单细胞水平同时对基因转录本和免疫组库进行高通量测序。
技术流程
服务内容
服务项目 |
服务内容 |
单细胞BCR测序 |
对BCR全长V(D)J基因序列进行组装和注释,获得单个B细胞的重链和轻链免疫球蛋白(Ig)配对序列,达到同种型分辨率。 |
单细胞TCR测序 |
对TCR全长V(D)J基因序列进行组装和注释,获得单个T细胞TCR的α链和β链的配对序列信息。 |
单细胞5’端转录组测序 |
可在测定TCR和BCR的同时进行5’端转录组测序,该结果可用于后续细胞定义和基因表达分析。 |
应用领域
服务优势
您可以得到的分析内容
客户常见问题
在大多数情况下,使用10x官方推荐的测序数据量(3M/细胞)是足够的。但是,有些样本类型在推荐的测序深度下不能达到理想测序饱和度,以下情况可能需要增加测序深度:
(1)血浆B细胞的IG基因表达量比其他B细胞的IG基因表达量高两个数量级,在样本中含有血浆B细胞时,则需要增加数据量。
单细胞免疫组库测序能够将每个细胞用油包水的方法隔离开,单独进行扩增。因此得到的TCR中α链/β链、BCR中的重链/轻链的配对都是单个细胞内真实的配对情况。而免疫组库测序是对混合细胞进行测序,因此无法进行精准真实的配对。